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Durante su mandato estableció los límites marítimos con Nicaragua en el tratado Esguerra-Bárcenas. Tuvo un gobierno difícil en el que hubo de hacer frente a problemas sociales, como varias huelgas sindicales del sector agrícola, dándose la Masacre de las bananeras del 6 de diciembre de 1928, en la que la huelga en la compañía United Fruit fue reprimida por parte del ejército, y también debido a problemas financieros tras el Crack de 1929. Acciones como la de perseguir y reprimir las actividades sindicales y el fallo en restaurar el régimen de prisiones y controlar el ejército, hicieron que su popularidad descendiese en beneficio del liberalismo. Siendo así el último presidente del período histórico conocido como la "Hegemonía Conservadora" que duró cuarenta y cuatro años. Tras su paso por la presidencia se retiró de la actividad política y se dedicó a sus intereses personales y sociales. Contrajo matrimonio con Felisa Santamaría Restrepo y segundas nupcias con Leonor de Velasco Álvarez.
En 1929 se fundó la Federación Nacional de Cafeteros. Abadía Méndez fue el último presidente de �La Hegemonía Conservadora�, ya que al final de su gobierno el partido conservador se encontraba dividido, lo cual permitió el triunfo del candidato liberal Enrique Olaya Herrera. Después de la presidencia se dedicó a actividades personales. Murio a los 71 años en La Unión, Cundinamarca, lugar donde se hallaba su finca de recreo. Biografía (resumida) tomada del Portal de la Presidencia de la República (2009) y de otras fuentes.
Al igual que su antecesor, el general Pedro Nel Ospina, Abadía usó el recurso de las misiones extranjeras para hacer reformas a las instituciones. El presidente Abadía Méndez tuvo que enfrentar las huelgas, que poco después se convertirían en revueltas provocadas por los dirigentes sindicales de compañías agrícolas. Una de las más conocidas fue la de la compañía United Fruit Company, que dio paso a la represión de las fuerzas del estado conocida como la masacre de las bananeras del 6 de diciembre de 1928. Este tipo de represiones fueron adoptadas por el gobierno de Abadía ya que desde hace muy poco tiempo (específicamente desde la administración de Marco Fidel Suárez al aprobar la ley de huelgas), los obreros y campesinos se unían para hacer exigencias al gobierno, y este a su vez no sabía cómo proceder ante las multitudes. Se sumaba además la desconfianza que producía en el gobierno el hecho de que la ideología comunista se instalara en el país, ideología base de muchos de los líderes de las huelgas.
Elegido presidente de la República para el cuatrienio 1926-1930, llegó a la primera magistratura postulado como candidato único del partido conservador y sin que el partido liberal participara en la contienda electoral. La negativa de esta última colectividad a contribuir con una cuota en el gobierno, convirtió a la administración Abadía en un gobierno hegemónico. Su gestión estuvo caracterizada por problemas económicos de gran magnitud: tuvo que recurrir a un empréstito por 10 millones de pesos para no detener las obras públicas más importantes, y posteriormente, abrió una licitación para un nuevo préstamo público de 60 millones de pesos, otorgada a una firma norteamericana. En 1928 su gobierno firmó otro empréstito por 35 millones, destinado a atender diversas obras de infraestructura, como ferrocarriles, carreteras y puertos; y hacia 1929 le correspondió enfrentar la recesión económica mundial que afectó gravemente a Colombia y amenazó con una parálisis financiera y de la producción.